Instytucja Zarządzająca (IZ), będąc odpowiedzialną za wprowadzenie skutecznych i proporcjonalnych środków przeciwdziałania nadużyciom finansowym, opracowała Podręcznik ze wskazówkami oraz rekomendacjami w zakresie przeciwdziałania, rozpoznawania i reakcji na podejrzenia związane z nadużyciami finansowymi w toku wdrażania Programu i projektów.

Głównym celem Podręcznika jest podkreślenie, iż żadna forma nadużyć finansowych wewnątrz systemu wdrażania Programu jak i poza nim nie będzie akceptowana. Skierowany on jest do wszystkich instytucji zaangażowanych we wdrażanie Programu i projektów, łącznie z IZ, WST a także beneficjentami. Opracowane wskazówki i rekomendacje nie nakładają na te instytucje żadnych nowych obowiązków, a jedynie podkreślają, jakie wspólne zadania wynikające z prawa powinny być podjęte przez wszystkie krajowe instytucje.